معرفی اجمالی دستگاه:
نام دستگاه: توالی یابی به روش سنگر
مدل و برند دستگاه: ThermoFisher - SeqStudio™ Genetic Analyzer
کشور سازنده: USA
مشخصات فنی دستگاه: در این دستگاه تمامی مواد در یک کارتریج تعبیه شده است و امکان استفاده آسان و منعطف را برای چندین کاربر جهت انجام توالی یابی و آنالیز طول قطعه در یک ران کاری فراهم می آورد. بدین منظور امکان توالی یابی قطعات بین 200bp الی 800bp و آنالیز طول قطعات با اهداف گوناگون امکان پذیر است.
توضیحات دستگاه:
توالی یابی سنگر، همچنین به عنوان توالی یابی خاتمه زنجیره‌ای یا توالی یابی دای دئوکسی شناخته می‌شود. توالی یابی دای دئوکسی بر اساس سنتز رشته‌های DNA است که مکمل یک رشته DNA الگو هستند. واکنش توالی یابی از تری فسفات‌های دئوکسی نوکلئوزیدی معمولی (dNTPs) و تری فسفات‌های دای دئوکسی نوکلئوزیدی اصلاح شده (ddNTPs) برای ازدیاد طول رشته استفاده می‌کند. ddNTPها از نظر شیمیایی با یک برچسب فلورسنت و با یک گروه شیمیایی که تشکیل پیوند فسفودی استر را مهار می‌کند، تغییر می‌یابد و باعث می‌شود DNA پلیمراز هر زمان که یک ddNTP ترکیب می‌شود، گسترش DNA را متوقف کند. قطعات DNA به دست آمده تحت الکتروفورز مویینه قرار می‌گیرند، جایی که قطعات از طریق یک ماتریکس ژل مانند با سرعت‌های مختلف بر اساس اندازه خود جریان می‌یابند. هر یک از چهار ddNTP اصلاح شده دارای یک برچسب فلورسنت مجزا هستند. سیگنال فلورسانس ساطع شده از هر رنگ فلورسنت برانگیخته، هویت نوکلئوتید را در الگوی DNA اصلی تعیین می‌کند.
کاربرد دستگاه:
- هدف قرار دادن مناطق ژنومی کوچک
- توالی یابی مناطق متغیر
- تایید نتایج حاصل از مطالعات توالی یابی نسل بعدی (NGS)
- تأیید توالی های پلاسمید و انواع جهش ها از جمله درج و حذف (Insertion and deletion)
- آزمایش HLA Typing
- تعیین ژنوتیپ مارکرهای ریزماهواره
- تشخیص واریانت های تک ژنی بیماری زا